严重小儿癫痫有很多的危害，比如可以出现明显的认知功能损害主要表现为认知发育迟缓，学习障碍。相关危险因素包括基础病因，发病年龄，癫痫发作及综合症的类型，发作频率，病程，脑电图异常的类型，抗癫痫药物及心理，社会因素等，发病年龄早，发作控制困难者，更容易出现注意缺陷，行为障碍和社会功能倒退，抗癫痫药所致的认知功能损害一般为可逆性的。

对于癫痫患儿的认知功能损害，应采取恰当的防治策略，包括针对病因进行治疗，积极控制癫痫发作，尽可能使用对认知损害较小的抗癫痫药物，如拉莫三嗪，奥卡西平，左乙拉西坦等。并进行心理及行为的教育。对于有严重学习困难和智力发育障碍的癫痫患儿需要到特殊的学校接受教育。