该公司没有权利扣留员工档案。根据我国法律规定，不管劳动者以哪种方式离开用人单位，用人单位均应及时将其个人档案转出，用人单位以双方争议未解决为由扣押个人档案的做法是错误的。

在双方实际解除劳动合同后，原用人单位不能随意扣住员工档案，应按有关规定及时转递。企业职工调动、辞职、解除劳动合同或被开除、辞退等，应由职工所在单位在一个月内将其档案转交其新的工作单位或其户口所在地的街道劳动(组织人事)部门。转递档案，可通过机要交通或派专人送取，不准邮寄或交本人自带;对转出的档案，必须按统一规定的“企业职工档案转递通知单”的项目登记，并密封包装;对转出的材料，不得扣留或分批转出;接收单位收到档案经核对无误后，应在回执上签名盖章，并将回执立即退回，逾期转出单位未收到回执应及时询问，以防丢失。用人单位与职工解除劳动关系后，应及时将职工档案转到职工新的接收单位;无接收单位的，应转到职工本人户口所在地。

许多用人单位也有自身的苦衷，有的员工给用人单位造成损失而被辞退或者开除的，但员工本人不赔偿损失，用人单位只好把档案扣着;有的员工在离开时不退住房、不交纳违约金;有的员工和单位签订了在职培训协议，但提前离职，却不愿意向单位退培训费等。有的单位想约束员工，就把档案扣留着。

《劳动合同法》第五十条【劳动合同解除或者终止后双方的义务】用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。